昌平校区管理模式采用昌平校区管理委员会机制。组织构架如下：

成员单位：党委宣传部、学生工作办公室、党委研究生工作部、教务处、研究生院、国有资产与实验室安全管理处、保卫处、国际交流与合作处、北校区工作办公室、学校建设办公室、后勤保障部、信息化办公室（信息中心）、后勤服务集团、图书馆。

管委会常设机构：北校区工作办公室。